FC Gütersloh (2000) war ein deutscher Fußballverein aus Gütersloh in Nordrhein-Westfalen. Der Verein wurde im Jahr 2000 gegründet und spielte in der Saison 1999/2000 erstmals in der Regionalliga Nord, damals die dritthöchste Spielklasse im deutschen Fußball.
In den folgenden Jahren etablierte sich der FC Gütersloh als feste Größe in der Regionalliga Nord und konnte sich mehrfach im oberen Mittelfeld platzieren. In der Saison 2003/2004 erreichte der Verein den größten Erfolg seiner Geschichte, indem er als Tabellenzweiter den Aufstieg in die 2. Bundesliga perfekt machte.
Jedoch konnte der FC Gütersloh in der 2. Bundesliga nicht Fuß fassen und stieg bereits nach einer Saison wieder ab. Es folgte der sportliche Absturz, und der Verein musste Insolvenz anmelden. Die Mannschaft wurde aus dem Spielbetrieb genommen, und der Verein wurde aufgelöst.
Seitdem hat es mehrere Neugründungen gegeben, jedoch ohne größeren sportlichen Erfolg. Derzeit spielt der FC Gütersloh in der Bezirksliga, also auf sechster Ebene im deutschen Fußball.
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